Druga dvojnost ove rijeke je izražena u njenom podzemnom vodotoku. Istraživanja eksperata su pokazala da je nekadašnje korito Bojane bilo za oko 40 metara visočije u odnosu na današnji teren osnovne stijene kod Fraskanjela. Rijeka Bojana zasula je svoje staro korito šljunkom. Preko šljunka su nataloženi glinoviti vodonepropusni sedimenti u kojima je usječeno korito današnje rijeke Bojane. Tako danas, u istom smjeru, jedan iznad drugog prema moru, teku površinski vodotok rijeke Bojane, a na dubini od oko 10 do 15 metara podzemni vodotok rijeke Bojane!? Podzemni vodotok se kreće, takođe, od sjevera prema jugu i može se predstaviti kao kretanje vode kroz podzemnu cijev ispunjenu šljunkom. Podzemni vodotok je poznat po izvorištu Lisna-Bori, iz kojeg Ulcinj dobija najveći dio vode.
